分子の性質をコンピュータで計算する手段のひとつに、分子動力学計算（MD計算：Molecular Dynamics calculation）があります。
高分子のMD計算に必要な処理を一括で行ってくれるプログラムがRadonPy です。
Radonpy は多数のプログラムを呼び出すため、呼び出されるプログラムのバージョン管理が非常に苦しいです。以下は2025年8月時点での設定です。
バージョン管理は Anaconda を使用します。
wsl2
Microsoft Store から Ubuntu 24.04.1 LTS をインストールします。
また、cuda は NVIDIA-SMI 565.57.01、Driver Version 576.52、CUDA Version 12.9 です。
フォルダ用意
コマンドプロンプトで、wsl2 の Ubuntu を起動し
wsl -d ディストリビューション名ユーザーのホームディレクトリに移動します。
cd /home/ユーザー名最新版の RadonPy をダウンロードします。
2025年8月では、develop が最新なので
git clone -b develop https://github.com/RadonPy/RadonPy.gitこれで、RadonPyフォルダが作成されます。
Anaconda
wget https://repo.anaconda.com/archive/Anaconda3-2025.06-0-Linux-x86_64.sh
bash Anaconda3-2025.06-0-Linux-x86_64.shAnaconda をインストール後、wsl2 のディストリビューションを再起動します。再起動しないと conda コマンドが使用できません。
Python等
後で、RDkit を使うのですが、困ったことに、最新版ではエラーが出ます。そのため、少し古いものを使います。それに伴い、Python もバージョン 3.10 に固定します。
conda create -n radonpy python=3.10
conda activate radonpy続いて、必要なプログラムを導入します。conda でインストール可能なバージョンは、ここで調べます。
conda install -c sfe1ed40 rdkit=2023.09.1
conda install -c conda-forge mdtraj
conda install -c conda-forge lammps
pip install radonpy-pypi
conda install -c conda-forge numpy matplotlib
conda install -c conda-forge psi4
conda install -c conda-forge resp
pip install dftd3JupyterLabもインストールします。
conda install -c conda-forge jupyterlabすべてインストールが終わったら、また、ディストリビューションを再起動しておきます。
VS Code
wsl2 に vs Code から接続します。
wsl2 に接続できたらユーザーのホームディレクトリを開きます。
テストプログラム実行
「test.ipynb」ファイルを作り、計算を実行します。
まずは、RDkitのバージョンを確認します。使用する Python は RadonPy の 3.10 にします。RDkit のバージョンが2023.09.1と出力されたならOKです。異なっていた場合は、VS code や ディストリビューションを再起動すると正常に戻ることがあります。
無事にRDkit が2023.09.1になっている場合は、例えば、以下のサイトのサンプルコードなどが実行可能です。
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